曹县人民医院
曹县人民医院始建于1949年，是一所集医疗、教学、科研、急救、康复于一体的三级乙等综合医院，山东省千佛山医院、山东省医学影像研究所、山东省肿瘤医院、解放军总医院第三医学中心、火箭军总医院、首都医科大学宣武医院、海军医科大学东方肝胆外科医院、复旦大学附属华东医院等知名医院的合作医院。
菏泽医学专科学校附属医院
菏泽医专附属医院是经山东省卫健委批准成立的一所公办非营利性三级综合医院，是菏泽市职工和城乡居民医保定点医院。集医疗、养老、康复、教学、科研和培训为一体的社会公益性的综合性医疗机构，坐落于菏泽市广州路与珠江路交汇处，占地302亩，总投资8亿余元，建筑面积12.8万平方米，设医疗、养老2个区域。其中养老区设置床位1500张，一期开放500张，包括自理区、半失能区、失能区及安宁疗护病房，医护人员24小时值班，棋牌室、水疗中心、图书阅览室、多种健身、娱乐中心、幸福农场等配套设施齐全，专业营养师按老人需求个性化配餐
鄄城县人民医院
鄄城县人民医院位于孙膑故里，雷泽湖畔，始建于1949年10月，现占地38亩，建筑面积2.3万平方米，编制病床499张，实际开放床位588张。2018年全年门诊量517665人，出院31332人，平均住院日7.7天。历经70年的发展，现已成为技术精良、设备齐全，集医疗、教学、科研、急救、康复于一体的综合性二级甲等医院，先后荣获“爱婴医院”“全国百姓放心示范医院”“山东省文明单位”“富民兴鲁劳动奖章”等荣誉称号，有效地承担了全县90余万人民群众的医疗、保健、急救任务，是我县医疗、科研教学、预防保健中心。
东明县人民医院
东明县人民医院始建于1949年，历经几代仁人志士的辛勤耕耘，共同努力，现已发展成为一所科室设施日臻完善、技术实力日渐增强、医疗设备日益先进、文化底蕴日趋浓厚，集医疗、教学、科研、康复保健、急诊急救于一体的综合性二级甲等医院（已纳入三级医院管理）。
郓城县人民医院
郓城县人民医院是一所集医疗、教学、科研为一体的现代化综合性医院。于1994年、1995年先后被省卫生厅评审为二级甲等医院和爱婴医院。
单县中心医院
单县中心医院地处鲁、苏、豫、皖四省八县结合部，是一所三级甲等综合性公立医院。该院创建于1944年，始称“冀鲁豫第十一专署医院”，1946年称“冀鲁豫边区第三政民医院”，后改称“平原省湖西专署人民医院”、“山东省菏泽专区第二人民医院”，1958年更名为“山东省单县中心医院”。近年来，医院先后成为“济宁医学院附属湖西医院”、“南京军区总医院技术协作医院”、“施尔明眼科视光屈光中心技术协作单位”。
山东省菏泽市牡丹区中医医院
菏泽市牡丹区中医医院是牡丹区唯一一家集医疗、科研、教学、预防保健、社区服务为一体，既体现传统中医特色，又具备一定综合服务能力的公立二级甲等中医医院。医院现占地面积1.8万平方米，总建筑面积1.4万平方米。现有职工516人，其中高级职称30人，研究生18人，菏泽市名中医2人，菏泽市优秀中医药人才1人，山东省基层名中医2人。
菏泽市牡丹人民医院
菏泽市牡丹人民医院（菏泽市新生儿救治中心）始建于1949年10月，是一所集医教研为一体的三级综合性医院。
成武县人民医院
成武县人民医院始建于1949年10月，院区占地53亩，建筑面积6.5万平方米，固定资产5.2亿元；现有职工1043人，其中高级专业技术人员89名，中级281名，市、县专业技术拔尖人才20名，编制病床800张，开放病床1000张。设有37个临床医技科室及重症监护中心，年门急诊量40万人次，年收住院病人3.2万人次，年住院手术病人9500余例。
菏泽市立医院（总院）
菏泽市立医院（山东省立医院集团菏泽医院）始建于1946年，是一个有着光荣革命传统的医院。历经75年的发展，市立医院已成为我市集医疗、教学、科研、急救、预防、保健和技术指导于一体的综合性三级甲等医院，担负着我市七县二区一千万人民及邻近省、市部分群众的医疗保健任务。
郓城县中医医院
郓城县中医院始建于1987年，是菏泽市北部最大的县级中医院。目前，已成为郓城县中医及中西医结合的医疗、急救、科研、教学和康复中心，病源辐射全国各地。现医院总建筑面积25000平方米，拥有病床200张，职工340人，专业技术人员298人，其中中高级以上技术人员98人。是国家“二级甲等中医院”、郓城县医疗保险定点医院、山东省医疗救助定点医院、卫生部国际救援中心定点医院，是郓城县公安局法医鉴定中心。医院设有16个行政职能科室，18个临床科室，12个辅检科室，能及时为各类患者提供准确及时的服务
菏泽市第二人民医院
菏泽市第二人民医院（菏泽市创伤医院）是一所大型综合性医院，是经政府批准的全市唯一警医共建的市创伤医院，同时还是菏泽医专教学医院、菏泽市城镇职工基本医疗保险定点医院、菏泽市工伤保险协议单位,是经省政府批准的菏泽市法医鉴定唯一复核医院，菏泽市新型农村合作医疗定点医院、菏泽市城市医疗救助定点医院。多次获得“山东省卫生系统先进单位”、“菏泽市双文明单位”、“菏泽市行业作风建设先进单位”等荣誉称号。